中心下设综合管理部、信息资源部、战略研究部、系统研发部、咨询服务部、统计中心、维权援助部、举报投诉部和社团工作部九大部门。
(一)综合管理部
1.负责文电、会务、档案、保密、安全、制度建设、文化建设等工作；
2.负责中心发展规划和工作计划编制工作；
3.负责预算编制、财务管理及资产管理等工作；
4.负责人事管理及职工教育培训等工作；
5.负责党务、纪检、群团等工作；
6.负责重点工作、重要事项的催办、督办和督查工作；
7.承担协调、接待、后勤保障、信息发布等工作；
8.完成中心交办的其他工作。
（二）信息资源部
1.负责数据资源的采集、加工、分发、更新与维护等工作；
2.负责与相关单位的数据交换工作；
3.负责专题专利数据库及各种业务相关数据库的制作工作；
4.指导和帮助服务对象自行建设产业、行业、产品等专题专利数据库；
5.负责区域中心专题数据库的备案报送工作。
（三）战略研究部
1.开展产业、行业、企业的知识产权战略与预警分析研究工作；
2.承担重大经济活动的知识产权审查工作；
3.负责定期发布区域重点行业、产业专利发展态势信息；
4.负责专题信息检索策略的制定工作；
5.承担知识产权软课题研究工作。
（四）系统研发部
1.负责各类知识产权应用系统的研发工作；
2.承担知识产权信息平台的建设与维护工作；
3.负责局机关和中心网络系统、硬件设施的建设和日常运行维护工作；
4.承担IT设备及系统软件的采购工作。
（五） 咨询服务部
1.承担企业知识产权贯标评价工作；
2.负责服务方案的设计、服务产品的推广和服务对象的管理工作；
3.负责区域服务体系的建设与指导工作；
4.负责区域中心理事会、服务联盟、专家顾问委员会的建设和管理工作；
5.负责知识产权业务的咨询服务工作；
6.组织开展各类知识产权业务的培训工作。
（六）统计中心
统计服务中心为“江苏省知识产权统计服务中心”的简称，负责全省知识产权数据的统计工作，业务上接受省知识产权局的领导。
1.负责全省知识产权数据的采集、统计、分析、管理和维护工作；
2.负责知识产权统计指标体系的研究与制定工作；
3.负责全省知识产权数据统计业务的培训工作；
4.指导市、县知识产权管理部门开展统计工作。
（七）举报投诉部
1.负责知识产权举报投诉的受理、登记、转送、反馈、统计与分析等工作；
2.负责知识产权维权援助问题的咨询服务等工作。
（八）维权援助部
1.负责维权援助体系建设及管理工作；
2.负责智力援助工作，以及经济援助方案的拟订工作；
3.负责合作专家及合作单位库的建设及管理工作。
（九）社团工作部
负责3个社团的日常管理、组织有关活动及会员管理工作。
